Sivas’ta doğan Keser, küçük yaşta ailesi ile beraber Batı Almanya kenti Hagen’a taşındı. Şehrin takımı SSV Hagen’in altyapısında futbola başlayan Keser, 17 yaşındayken Bundesliga temsilcisi Borussia Dortmund tarafından keşfedildi. 1980-81 sezonunda A takıma yükselen futbolcu, kariyerinin ilk maçına 14 Şubat 1981’de Fortuna Düsseldorf karşısında çıktı. Keser, teknik direktör Udo Lattek tarafından sahaya ilk 11’de sürülmüştü. Kadronun en genç ismi olmasına karşın sonra sezon içinde 7 maçta genellikle kısa süreler için olsa da forma şansı buldu.
Bir sonraki sezon daha fazla forma şansı bulmaya başladı. 30 Ocak 1982’de Hamburger SV’ye 3-2 yenildikleri maçta kariyerinin ilk golünü kaydetti. Sezonu 4 golle kapatmıştı. 1982-83 sezonunda ise Karl-Heinz Feldkamp’ın takımın başına gelmesi ile takımın ilk 11 oyuncularından oldu. Ligde 31 maçta 9 gol kaydetme başarısını gösterdi. Yarı finale çıktıkları Almanya Kupası’nda ise 3 gol attı. 1983-84 sezonunda daha az maçta forma giymesine rağmen 9 gollük performansını tekrarladı. Bernd Klotz ile takımın en golcü ismiydi.
1986-1987
Galatasaray’da geçirdiği iki sezondan sonra Reinhard Saftig yönetimindeki Dortmund’a geri döndü. Ancak, Dortmund’daki ikinci döneminde düzenli olarak forma şansı bulamadı. Buna rağmen sezonu attığı 5 golle kapattı. Sezon sonunda ligi dördüncü olarak bitirdiler. Bu da Keser’in Almanya kariyerindeki en büyük başarı oldu.
Galatasaray
1984-1986
1984-85 sezonunda Galatasaray’ın başına geçen Almanya millî futbol takımı eski teknik direktörü Jupp Derwall’ın isteğiyle eski takım arkadaşı Rüdiger Abramczik ile beraber Erdal Keser de Galatasaray’a transfer edildi. Galatasaray’daki ilk resmi maçında Malatyaspor’a gol attı. Sezon içinde Fenerbahçe’ye 1, Beşiktaş’a ise 2 gol kaydetti. Türkiye Kupası’nda finale çıkan Galatasaray’ın iki final maçında da forma giydi ve kariyerinin ilk kupasını kazanmış oldu. Galatasaray’daki iki sezonunda da 9 gol kaydetti. 1985-86 sezonunda ilk kez bir UEFA maçına çıkan Keser, Kupa Galipleri Kupası’nda Widzew Lodz’a bir gol attı. 6 Haziran 1986’da Altay ile oynanan Başbakanlık Kupası maçını 8-1 kazandılar. Keser, bu maçta 5 gol atarak yıldızlaştı. Ancak Derwall ile anlaşamayan futbolcu sezonun bitmesiyle takımdan ayrıldı.
1989-1994
1989’da Alman teknik adam Siegfried Held’ın Galatasaray’ın başına geçmesiyle Keser eski takımına döndü. Fenerbahçe’ye 3-2 yenildikleri Başbakanlık Kupası maçı ile 3 yıl sonra tekrar Sarı-Kırmızılı formayı giydi. 1991’da bir kez daha Türkiye Kupası’nın sahibi oldu. Yarı finalde Trabzonspor’u 2-1 ile geçerlerken takımının ilk golünü kaydetmişti. 1991-92 sezonunda geçirdiği sakatlık yüzünden uzun süre futboldan uzak kaldı. Bu nedenle Kupa Galipleri Kupası’nda çeyrek finale çıkan Galatasaray’a destek olamadı. Sakatlıktan döndükten kısa süre sonra oynanan Fenerbahçe derbisini 5-2 kaybetseler de takımının gollerini Keser kaydetti.
1992-93 sezonunda eski hocası Feldkamp ile Galatasaray’da buluştu. Sezonun ilk maçında Gençlerbirliği’ne 2 gol attı. Ligde çok fazla şans bulamasa da sezon sonunda kariyerinin ilk lig şampiyonluğunu yaşadı O sezon ayrıca Türkiye Kupası’nın da sahibi oldular. Ligdeki etkisiz performansının aksine kupada 5 maçta 4 gol attı ve bunlardan biri Beşiktaş’la oynanan kupa finali ilk maçındaydı. Galatasaray, maçı Keser’in attığı golle 1-0 kazanmıştı. Sonraki sezon da sakatlıkları nedeniyle çok fazla forma şansı bulamadı. O sezon ikinci kez düzenlenen UEFA Şampiyonlar Ligi gruplarına kalmayı başararak, bu ligde mücadele eden ilk Türk takımı oldular. Ön elemede Manchester United’ı elerlerken, Keser 3-3’lük maçın son 15 dakikasında forma şansı bulmuştu. Gruplarda da 4 maçta forma giydi. O sezon üst üste ikinci kez Türkiye Ligi şampiyonluğu yaşadı.
1994-95 sezonunda eski teknik direktörü Saftig ile buluştu. Ancak geçirdiği sakatlıklar Keser’in Saftig ile bir kez daha çalışmasına engel oldu. Sezon içinde sadece bazı hazırlık maçlarında forma giydi. 18 Temmuz 1995’te Zürih’te oynanan Galatasaray – Borussia Dortmund karşılaşması ile ilk jübilesini yaptı. 30 Temmuz 1995’te ise bu sefer Türkiye’de Samsunspor ile bir jübile daha yapıldı.
Sarıyer
Dortmund ile yollarını ayıran Keser, Türkiye’ye dönüp teklifleri değerlendirdi. Eski takımı Galatasaray ve Fenerbahçe ile konuşan futbolcu, Sarıyer ile anlaşarak, zamanın en yüksek bonservis bedeli ile transfer oldu. İlk sezonunda atığı 17 golle çok etkili bir performans gösterdi. Sonraki sezon ise 12 gol atarak bu performansını devam ettirdi. Sarıyer, Galatasaray’ın 1 puan gerisinde kalarak, Üç Büyükler’in ardından lig dördüncüsü olmayı başardı. Sezon sonunda futbolcu, eski takımı Galatasaray’a transfer oldu.